二〇〇四年
- 1月14日，在中国科协和中央电视台联合举办的年公众关注的中国十位科技人物评选中，李方华院士当选，是中科院系统唯一一位入选的科学家
- 2月20日，杨国桢、顾本源、董碧珍、汪力小组的“求解光学逆问题的一种新方法及其在衍射光学中应用”项目获国家自然科学二等奖。
- 2月25日，李方华院士再次当选为“2003年度海内外有影响力的《中国妇女》时代人物”。这次评选是由《中国妇女》杂志社主办，面向全国那些作出显著成绩的时代女性，李方华院士也是此次当选者中唯一的科技界女性。
- 2月，王恩哥、陈东敏被聘为北京凝聚态物理国家实验室（筹）主任。5月13日，北京凝聚态物理国家实验室研究部主任招聘答辩报告会在中科院物理所举行。
- 5月24日—28日“第九届国际X射线激光会议”在中国科学院物理研究所举行。
- 6月3日，张杰院士获得2004年度亚洲成就奖。
- 6月21日，由物理所研究生部和学生会创办的“明理时空论坛”正式开讲。
- 10月19日，国际知名物理学家Nai-Phuan Ong来所做学术报告，“崔琦讲座”启动。
- 11月1日，温家宝总理和国务委员陈至立由路甬祥院长陪同来物理所考察。
- 薛其坤研究员获得中央国家机关颁发的“五一奖章”。
- 薛其坤荣获第八届中国青年科技奖。
- 杨国桢院士获何梁何利基金科学与技术进步奖。
- 解思深院士当选为第三世界科学院院士。
- 据中国科技信息研究所统计结果，中科院物理所“国际论文被引用篇数”以【787篇/2052次】居2003年全国科研机构第一名，至此已连续五年荣获国际论文被引用数量去昂国科研机构第一名。本年度物理所SCI收录论文为476篇，在科研机构“SCI收录论文数排名”中名列第二。
- 此外，物理所在今年新增统计项目“1998-2002SCI收录论文累积被引用次数较多的前二十所研究机构”中排名第一；在“2003年度各学科科技论文高产机构”中位列“物理学”第一。
- 由王恩哥、薛其坤、贾金锋等人完成的“原子尺度的薄膜/纳米结构生长动力学：理论和实验”，闻海虎、李世亮、杨万里等完成的“高温超导体磁通动力学研究”两项成果分获国家自然科学二等奖。