二〇〇六年
- 李方华院士、范海福院士、万正华博士、胡建军博士、汤栋博士等完成的“微小晶体结构测定的电子晶体学研究”取得了丰硕成果，荣获2005年国家自然科学二等奖。
- 极端条件物理实验室汪卫华研究组成功研制出“新型铈基非晶结构材料———金属塑料”入选2005年度中国基础研究十大新闻。
- 2月24日，物理所与日本电报电话公司物性科学基础研究所签署双边合作协议
- 2月27日，北京散裂中子源（BSNS）靶站谱仪工程中心（筹）和中科院物理所清洁能源中心成立揭牌仪式在物理所举行。
- 3月15日，中国科学院物理研究所苏州清洁能源中心签字及挂牌仪式在苏州市科技城举行。
- 物理所创办公共技术系列讲座，第一讲于3月16日举行。
- 在院工作会议上，薛其坤、王恩哥领导的“薄膜/纳米结构的控制生长和量子操纵研究集体”获得2005年中国科学院杰出科技成就集体奖。
- 3月31日下午，全国人大副委员长、中科院院长路甬祥到物理所调研工作。
- 5月15日，Princeton大学的崔琦教授来所进行学术交流。
- 6月6日，在中国科学院第十三次院士大会上，物理所范海福院士以“晶体衍射分析中的相位不确定性问题”项目获陈嘉庚数理科学奖。
- 6月7日上午，物理所顺利通过ARP所级系统实施工作验收。
- 7月12日，王恩哥获本年度德国洪堡基金会（AvH）洪堡研究奖（Humboldt Research Award）。
- 8月7-11日,首届“亚洲激光等离子体加速和辐射源暑期学校”在物理所成功举办。
- 10月27日，第十四届中国科技论文统计结果发布会上中国科学技术信息研究所公布2005年度物理所发表国内和国际论文总数、发表第一署名单位的SCI收录论文数、1996－2005年SCI收录论文累积被引用篇数、2005年度国际论文被引用篇数均在全国科研机构中名列第一。1996—2005年发表的论文累计被引用次数排序中，以物理所李文治为第一作者发表于1996年Science上的一篇关于碳纳米管研究的文章排在第一位。
- 11月15日，许祖彦、张杰、薛其坤获得本年度何梁何利基金科学与技术进步奖。
- 12月13日，郭可信院士去世，终年83岁。
- 12月14日，诺贝尔物理学奖获得者朱棣文（Steven Chu）教授应邀来物理所做学术报告，并接受聘请为“物理所荣誉教授”。
- 12月28日，由物理所和理化技术所联合研制的“真空紫外激光角分辨光电子能谱仪”通过中科院主持的鉴定，确定该仪器为国际第一台超高能量分辨率真空紫外激光角分辨光电子能谱仪。